Im evangelischen Religionsunterricht am Holbein geht es einerseits um die biblische Botschaft und die Auseinandersetzung mit der christlichen Tradition, andererseits aber auch um existentielle Fragen der Gegenwart und um die Förderung der Selbstständigkeit.

Den evangelischen Religionsunterricht besuchen neben den Schülerinnen und Schüler, die evangelisch getauft worden sind, auf Antrag auch ungetaufte Schülerinnen und Schüler mit Interesse am Fach.

Am Schuljahresanfang und -ende sowie zum Abitur und zu Weihnachten finden ökumenische Schulgottesdienste entweder in der evangelischen Ulrichskirche, in der katholischen St.-Ulrich-und-Afra-Kirche oder in der katholischen St.-Moritz-Kirche statt.